全椒境内现有两条铁路；其中沪汉蓉高速铁路（设计时速250千米）和宁西铁路的合宁段在全椒境内共线，京沪高速铁路（设计时速350千米）从全椒北面过境；境内有全椒站、滁州站两座铁路客运站以及黄庵站一座越行站。